Секторот за финансиска инспекција во јавниот сектор и координација на борба против измама на ЕУ средствата  ги врши работите што се  однесуваат на: заштита на финансиските интереси на субјектите од јавниот сектор од сериозно лошо финансиско управување, измами и корупција преку организирање и спроведување контрола на регуларноста на трансакциите и другите активности од областа на финансиското управување и контрола извршени во субјектите од јавниот сектор на централно и локално ниво; заштита на финансиските интереси на Европската унија преку координација на административни и оперативни обврски и активности и предлог измени на националното законодавство во врска со борба против измама на ЕУ фондови и ефективна соработка со Европската канцеларија за борба против измама (ОЛАФ).