Националната програма за усогласување со правото на ЕУ (НПАА) е клучен инструмент за водење на процесот на пристапување на Република Македонија во ЕУ и претставува основа за следење на напредокот на Република Македонија во процесот на пристапување кон ЕУ.
Во рамки на НПАА, Министерство за финансии се јавува како носител на девет поглавја: 3.04. Слободно движење на капитал, 3.05. Јавни набавки, 3.09. Финансиски услуги, 3.16. Даноци, 3.17. Економска и монетарна унија, 3.22. Регионална политика и координација на структурни инструменти, 3.29. Царинска Унија, 3.32. Финансиска контрола и 3.33. Финансиски и буџетски одредби.
Главни надлежности на Одделението за НПАА и преговарање се следните: следење на степенот на реализација на мерките и активностите од НПАА, кои се во надлежност на Министерството за финансии; координација на активностите поврзани со подготовката на документите поврзани со процесот на европска интеграција и координација на реализацијата на други активности за приближување кон структурите и стандардите на ЕУ.
Во однос на Инструментот за прет-пристапна помош (ИПА), Министерството за финансии се јавува како корисник на проекти во рамки на првата ИПА Компонента – Помош во транзиција и надградба на институции. Во рамки на Министерството за финансии, Сектор за усогласување со ЕУ и меѓународни финансии формирано е Одделение за ИПА, кое е надлежно за координирање на активностите поврзани со подготовката, техничкото спроведување, како и следење на степенот на реализацијата на проектите на Министерство за финансии, финансирани во рамки на ИПА, Компонента 1.