Примарна задача на Секторот за буџети и фондови е креирање на фискалната политика, управување со јавните финансии и унапредување на буџетскиот процес. Во овие рамки, основна надлежност на Секторот за буџети и фондови е подготовка на Предлог Буџетот на Република Македонија во целина и негово доставување до Владата на Република Македонија.
Во рамките на Секторот се вршат и други позначајни работи кои се однесуваат на:
- закони со кои се уредува постапката за подготовка, донесување и извршување на Буџетот на Република Македонија,
- фискална стратегија за среднорочен период од три години со која се предлагаат насоките и целите на фискалната политика и се утврдуваат износите за главните категории на проценетите приходи и одобрените средства,
- буџетски циркулар со кој се даваат упатства и насоки за подготвување на буџетските барања,
- завршна сметка на Буџетот на Република Македонија, во која се презентирани реализираните приходи и извршените расходи на сите сметки на Буџетот на Република Македонија, споредени со проекциите на приходите и одобрените расходи,
- мислења, информации и извештаи по програми, одлуки и материјали во врска со Буџетот и буџетската политика,
- анализи на буџетските приходи и расходи и проучување на ефектите од предложените законски решенија во областа на буџетската политика,
- одобрување прераспределби и проширувања на буџетите на буџетските корисници согласно начелата на економичност и ефективност,
- следење и контролирање на исплатата на платите кај буџетските корисници,
- анализи и информации за јавните инвестиции,
- обработување и анализа на приходите и расходите на локалните власти, како и подготовка на законска регулатива за финансирање на ЕЛС,
- следење на работењето на јавните претпријатија, агенциите и трговски друшта основани од државата во однос на наменското користење на нивните финансиски средства.