Politika doganore në Republikën e Maqedonisë është e orientuar drejt rritjes së konkurrencës ndërkombëtare të subjekteve ekonomike vendore, domethënë drejt arritjes së rritjes ekonomike dhe zhvillimit të ekonomisë kombëtare, përmes mbështetjes së bujqësisë, industrisë dhe transportit vendas, dhe përmes heqjes ose uljes së normave për mallrat që nuk prodhohen në Republikën e Maqedonisë. Kështu, funksioni fiskal i doganës merr rëndësi dytësore, ndërsa rëndësia kryesore i jepet funksionit mbrojtës dhe zhvillimor.
Ministria e Financave i kushton vëmendje të veçantë ndikimit të doganave mbi ndryshimet e çmimeve relative, dhe për pasojë mbi ndryshimet në vlerat e importeve dhe eksporteve, bilancin tregtar, zhvillimin e degëve të caktuara dhe ekonominë kombëtare në tërësi.
Bazat ligjore të politikës doganore të Republikës së Maqedonisë janë në përputhje me praktikën e Bashkimit Evropian dhe përkojnë me rregullat që zbaton Organizata Botërore e Tregtisë (WTO). Bazat ligjore të sistemit dhe politikës doganore përcaktohen në Ligjin për Doganat, Ligjin për Tarifat Doganore, Ligjin për Masat Doganore për Mbrojtjen e të Drejtave të Pronësisë Intelektuale dhe në rregullore dhe marrëveshje të tjera që Republika e Maqedonisë i ka nënshkruar.
Ligji për Doganat rregullon të drejtat dhe detyrimet e personave dhe organeve doganore lidhur me mallrat në trafikun e pasagjerëve dhe mallrave ndërmjet territorit doganor të Republikës së Maqedonisë dhe territoreve të huaja doganore. Me Ligjin për Tarifën Doganore përcaktohen rregullat për mënyrën e llogaritjes së taksave doganore, sistemi i emrave të mallrave të importuara dhe eksportuara në Republikën e Maqedonisë, numrat tariforë dhe shenjat tarifore dhe taksat doganore që zbatohen.
Përputhja dhe ndryshimi i Tarifës Doganore sipas ndryshimeve në Nomenklaturën e Kombinuar, e miratuar nga Komisioni Evropian në pjesën e sistemit të emrave të mallrave, sistemit të numërimit, masave të veçanta, si dhe shënimeve në seksionet dhe kapitujt përkatës bëhet çdo vit me Vendim të Qeverisë së Republikës së Maqedonisë, që zbatohet nga 1 janari i vitit pasardhës.
Administrata Doganore e Republikës së Maqedonisë është përgjegjëse për zbatimin e rregullave doganore, pra, për kryerjen e mbikëqyrjes doganore, kontrollit doganor dhe kalimit doganor të mallrave.
