Politika doganore në Republikën e Maqedonisë ka për qëllim rritjen e konkurrencës ndërkombëtare të subjekteve ekonomike vendore, gjegjësisht arritjen e rritjes ekonomike dhe zhvillimin e ekonomisë nacionale, përmes mbështetjes së bujqësisë vendore, industrisë dhe transportit, si dhe përmes shfuqizimit ose uljes së normave për mallrat që nuk prodhohen në Republikën e Maqedonisë, ashtu që funksioni fiskal i doganës merr rëndësi dytësore, ndërsa rëndësi parësore ka funksioni i mbrojtjes dhe zhvillimit.
Ministria e Financave i kushton vëmendje të veçantë ndikimit të detyrimeve doganore në ndryshimet e çmimeve relative dhe kështu edhe në ndryshimet e vlerave të importit dhe eksportit, bilancit të tregtisë, zhvillimit të një dege të veçantë dhe ekonomisë kombëtare në tërësi.
Bazat ligjore të politikës doganore të Republikës së Maqedonisë janë të harmonizuara me praktikën në Bashkimin Evropian dhe përkojnë me rregullat e zbatuara nga Organizata Botërore e Tregtisë (OBT). Bazat ligjore të sistemit dhe politikës doganore përcaktohen në: Ligjin doganor, Ligjin për tarifat doganore, Ligjin për masat doganore për mbrojtjen e të drejtave të pronës intelektuale dhe rregulloret dhe marrëveshjet e tjera të lidhura nga Republika e Maqedonisë.
Ligji doganor rregullon të drejtat dhe detyrimet e personave dhe autoriteteve doganore në lidhje me mallrat në qarkullimin e udhëtarëve dhe mallrave ndërmjet zonave doganore të Republikës së Maqedonisë dhe zonave të huaja doganore, ndërsa me Ligjin për tarifat doganore përcaktohen rregullat për mënyrën e llogaritjes së detyrimeve doganore, sistemit të emrave të mallrave që importohet dhe eksportohet në Republikën e Maqedonisë, numrat tariforë dhe markat tarifore dhe detyrimet doganore që zbatohen.
Harmonizimi dhe ndryshimi i Tarifës doganore në përputhje me ndryshimet në Nomenklaturën e Kombinuar të miratuar nga Komisioni Evropian në pjesën e sistemit të emrave të mallrave, sistemit të shënimit numerik, masave të njësive, si dhe vërejtjeve për njësitë dhe kapitujt përkatëse, bëhet çdo vit me Vendim të Qeverisë së Republikës së Maqedonisë e cila zbatohet nga 1 janari i vitit të ardhshëm.
Drejtoria Doganore e Republikës së Maqedonisë është përgjegjëse për zbatimin e rregullave doganore, përkatësisht zbatimin e mbikëqyrjes doganore, kontrollit doganor dhe për doganimin e mallrave.