Јадрото на Министерството за финансии е составено од следните сектори, преку кои се покриваат сите области од доменот на работа.
Кабинет
Буџет и фондови
Трезор
Макроекономска политика
Меѓународни финансиски односи и управување со јавен долг
Даночна и царинска политика
Финансиски систем
ЦФЦД
Управување со средствата од инструментот за претпристапна помош- ИПА
Второстепена управна постапка, управни спорови и наплата на побарувања
Централна единица за хармонизација на системот на јавна внатрешна финансиска контрола
Правни работи
Финансиски прашања
Информатика
Внатрешна ревизија
Финансиска инспекција во јавниот сектор и координација на борба против измама на ЕУ средствата
Одделение за стратешко планирање
Одделение за управување со човечки ресурси