Секторот за управување со средствата од инструментот за претпристапна помош – ИПАги врши работите што се однесуваат на: финансиско управување со претпристапните фондови на Европската унија за Република Северна Македонија, отворање и управување со банкарските сметки, аплицирање за средства од Европската комисија, одобрување трансфер на средства добиени од Европската комисија до оперативната структура, финансиско известување до Европската комисија, работи непосредно поврзани со Националниот координатор за авторизација (НАО) во однос на законитоста и регуларноста на извршените трансакции пред Европската унија и обезбедување ефективно функционирање на системите за управување и контрола на користењето на ЕУ фондовите и други работи поврзани со работата на Националниот координатор за авторизација (НАО).

Согласно Регулативата за имплементација на ИПА, раководителот на Национален фонд е  Националниот координатор за авторизација (НАО) назначен од страна на Владата на Република Северна Македонија. Националниот координатор за авторизација (НАО) има целосна одговорност за :

•  финансиското управување со средствата на ЕУ во Република Северна Македонија и е одговорен за законитоста и регуларноста на основните трансакции;
• ефективно функционирање на системите за управување и контрола во согласност со регулативата на ИПА.