Примарна задача на Секторот за финансиски прашања претставува вршење работи кои се однесуваат на сметководствено финансиското работење, буџетската координација и контрола.

Во рамки на Секторот е опфатена сметководствена евиденција, финансиско материјално работење, изготвување и пресметка на плати, благајничко работење, прием, евидентирање и издавање потрошен канцелариски материјал, потрошен материјал за техничка опрема, средства за хигиена и други средства за работа; изготвување на предлог буџетот на Министерството, изготвување финансиски планови, предлози за пренамени и ребаланс на буџетот на Министерството, спроведување на ex-ante и ex-post финасиска контрола.