Секторот за второстепена управна постапка, управни спорови и наплата на побарувања ги врши работите што се однесуваат на изготвување и донесување решенија во второстепена управна постапка од областа на даноците, царините, акцизите, придонесите и таксите по жалби од правни и физички лица и од вршители на дејност; спроведување на управната постапка по повод вонредни правни средства; изготвување одговори на тужби до Управниот суд и жалби до Виш управен суд; комплетирање на предметите во врска со заведени управни спорови против решенија донесени во второстепена управна постапка; соработка со Државното правобранителство на Република Северна Македонија; соработка при изготвување на предлози на закони и меѓународни договори од областа на даноците и царините како и во изготвувањето правилници, упатства и други подзаконски акти заради единствено постапување во даночна и царинска политика, следењето и реализацијата на странската помош која генерира Компензациони фондови во целина и по корисници, подготвување извештаи за работата на Компензационите фондови и Индикативни планови – повеќегодишни и едногодишни за ангажирање на средствата од Компензационите фондови; техничка и аналитичка обработка на податоците за состојбата со наплата на побарувањата, регулирање и следење на управувањето со средствата; учество во изготвувањето на предлозите за донесување законски прописи за управување со имотот, како и во подготовка на подзаконски акти и други прописи; вршење други работи во врска со второстепената управна постапка и наплатата на побарувања.