Примарна задача на Секторот за буџети и фондови е креирање на фискалната политика, управување со јавните финансии и унапредување на буџетскиот процес. Во овие рамки основна надлежност на Секторот за буџети и фондови е подготовка на Предлог буџетот на Република Северна Македонија во целина и негово доставување до Владата на Република Северна Македонија.

Во рамките на Секторот се вршат и други позначајни работи кои се однесуваат на:

• закони со кои се уредува постапката за подготовка, донесување и извршување на Буџетот на Република  Северна Македонија,
• фискална стратегија за среднорочен период од три години со која се предлагаат насоките и целите на фискалната политика и се утврдуваат износите за главните категории на проценетите приходи и одобрените средства,
• буџетски циркулар, со кој се даваат упатства и насоки за подготвување на буџетските барања,
• завршна сметка на Буџетот на Република  Северна Македонија, во која се презентирани реализираните приходи и извршените расходи на сите сметки на Буџетот на Република  Северна Македонија, споредени со проекциите на приходите и одобрените расходи,
• мислења, информации и извештаи по програми, одлуки и материјали во врска со Буџетот и буџетската политика,
• анализи на буџетските приходи и расходи и проучување на ефектите од предложените законски решенија во областа на буџетската политика,
• одобрување прераспределби и проширувања на буџетите на буџетските корисници согласно начелата на економичност и ефективност,
• следење и контролирање на исплатата на платите кај буџетските корисници,
• анализи и информации за јавните инвестиции,
• обработување и анализа на приходите и расходите на локалните власти, како и подготовка на законска регулатива за финансирање на ЕЛС,
• следење на работењето на јавните претпријатија, агенциите и трговски друштва основани од државата во однос на наменското користење на нивните финансиски средства.